دوره 6، شماره 4 - ( 10-1398 )                   جلد 6 شماره 4 صفحات 381-374 | برگشت به فهرست نسخه ها

XML English Abstract Print

Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
Kabiri K, Majidzadeh K. The molecular detection of the causative agent of plague on the basis of the pla gene. nbr 2020; 6 (4) :374-381
URL: http://nbr.khu.ac.ir/article-1-3084-fa.html
کبیری خاطره، مجیدزاده کیوان. تشخیص مولکولی عامل طاعون بر اساس ژن pla. یافته‌ های نوین در علوم زیستی. 1398; 6 (4) :374-381

URL: http://nbr.khu.ac.ir/article-1-3084-fa.html

تشخیص مولکولی عامل طاعون بر اساس ژن pla
خاطره کبیری* ، کیوان مجیدزاده
گروه میکروبیولوژی، دانشگاه آزاد اسلامی واحد تهران شمال، تهران، ایران ، Kabiri.kh93@ gmail.com
چکیده:   (4191 مشاهده)
یرسینیا پستیس عامل بیماری طاعون، باسیلی گرم منفی متعلق به تیره انتروباکتریاسه است. تشخیص این ارگانیسم بر اساس روش­ های کلاسیک وقت گیر، پر هزینه و خطرناک است. هدف از این مطالعه طراحی روش TaqMan Real-time PCR برای تشخیص سریع این باکتری بر اساس ژن pla است. در این مطالعه واکنش Real-time PCR بر اساس ژن هدف pla  بهینه­ سازی گشت. برای تعیین حساسیت، از ژن pla رقت­های سریال تهیه و آخرین رقتی که سیگنال فلورسنت تولید کرد به عنوان کم­ترین حد تشخیص در نظر گرفته شد. بر اساس نتایج آزمایش تعیین حساسیت، منحنی استاندار شامل مقادیر Ct و تعیین کمیت برای آنالیز ژن هدف استفاده گردید. ویژگی آنالیتیکال روش به وسیله انجام آزمایش بر روی ژنوم تعدادی از باکتری­های کنترل منفی ارزیابی گردید. در این بررسی، در نمودار تکثیر ژن pla هیچ گونه تکثیری برای نمونه­های کنترل منفی مشاهده نشد و ویژگی واکنش تایید گشت. کم­ترین حد تشخیص روش  Real-time PCR برای ژن هدف fg 4/5، همچنین کم­ترین تعداد کپی از ژن هدف در یک واکنش 20 میکرولیتر در حدود 103× 1 تعیین گشت.

.
واژه‌های کلیدی: ریل تایم پی سی آر، کنترل منفی، منحنی استاندارد، ویژگی، یرسینیا پستیس
متن کامل [PDF 1176 kb]   (1444 دریافت)    
نوع مطالعه: مقاله پژوهشی | موضوع مقاله: میکروبیولوژی
دریافت: 1396/11/22 | ویرایش نهایی: 1398/12/5 | پذیرش: 1398/2/22 | انتشار: 1398/10/18 | انتشار الکترونیک: 1398/10/18
فهرست منابع
1. Arya, M., Shergill, I.S., Williamson, M., Gommersall, L., Arya, N. and Patel, H.R. 2005. Basic principles of real-time quantitative PCR. - Expert Rev. Mol. Diagn. 5: 209-219. [DOI:10.1586/14737159.5.2.209]
2. Ayyadurai, S., Flaudrops, C., Raoult, D. and Drancourt, M. 2010. Rapid identification and typing of Yersinia pestis and other Yersinia species by matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight (MALDI-TOF) mass spectrometry. - BMC Microbiol. 10: 1-7. [DOI:10.1186/1471-2180-10-285]
3. Azizi, M.H. and Azizi, F. 2010. A history of the human plague in Iran. - Arch. Iran Med. 13: 563-569.
4. Chase, C.J., Ulrich, M.P., Wasieloski, L.P., Kondig, J.P., Garrison, J. and Lindler, L.E. 2005. Real-time PCR assays targeting a unique chromosomal sequence of Yersinia pestis. - Adv. Clin. Chem. 51: 1778-1785. [DOI:10.1373/clinchem.2005.051839]
5. Drancourt, M. and Raoult, D. 2002. Molecular insights into the history of plague . - Microbes Infect. 4: 105-109. [DOI:10.1016/S1286-4579(01)01515-5]
6. Engelthaler, D.M., Gage, K.L., Montenieri, J.A., Chu, M. and Carter, L.G. 1999. PCR detection of Yersinia pestis in fleas: comparison with mouse inoculation. - J. Clin. Microbiol. 37: 1980-1984. [DOI:10.1128/JCM.37.6.1980-1984.1999]
7. Esamaeili, S., Azadmanesh, K., Naddaf, S.R. Rajerison, M., Carniel, E. and Mostafavi, E. 2013. Serologic survey of plague in animals, western Iran. - J. Emerg. Infect. Dis. 19: 1549-1551.. [DOI:10.3201/eid1909.121829]
8. Espy, M.J., Uhl, J.R., Sloan, L.M., Buckwalter, S.P., Jones, M.F., Vetter, E.A., Yao, J.D., Wengenack, N.L., Rosenblatt, J.E., Cockerill, F.R. and Smith, T.F. 2006. Real-time PCR in clinical microbiology: applications for routine laboratory testing. - Clin. Microbiol. Rev. 19: 165-256. [DOI:10.1128/CMR.19.1.165-256.2006]
9. Filippov .A.A., Sergueev, K.V., He, Y., Huang, X.Z., Gnade, B.T. and Mueller, A.J. 2011. Bacteriophage-resistant mutants in Yersinia pestis: identification of phage receptors and attenuation for mice. - PLOS ONE 6: 1-11. [DOI:10.1371/journal.pone.0025486]
10. Kenny, J.H., Zhou, Y., Schriefer, M.E. and Bearden, S.W. 2008. Detection of viable Yersinia pestis by fluorescence in situ hybridization using peptide nucleic acid probes. - J. Microbiol. Methods. 75: 293-301. [DOI:10.1016/j.mimet.2008.06.021]
11. Leal, N.C and Almeida, A.M. 1999. Diagnosis of plague and identification of virulence markers in Yersinia pestis by multiplex PCR. - Rev. Inst. Med. Trop. Sao Paulo. 41: 339-342. [DOI:10.1590/S0036-46651999000600002]
12. Lindler, L.E., Fan, W. and Jahan, N. 2001. Detection of ciprofloxacin-resistantYersinia pestis by fluorogenic PCR using the light Cycler. - Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 39: 3649-3655. [DOI:10.1128/JCM.39.10.3649-3655.2001]
13. Loiez, C., Herwegh, S., Wallet, F., Armand, S., Guinet, F. and Courcol, R.J. 2003. Detection of Yersinia pestis in sputum by real-time PCR. - Eur. J. Clin. Microbiol. 10: 190-212. [DOI:10.1128/JCM.41.10.4873-4875.2003]
14. Mackay, I.M. 2004. Real‐time PCR in the microbiology laboratory. - Clin. Microbiol. Infect. 10: 190-212. [DOI:10.1111/j.1198-743X.2004.00722.x]
15. Matero, P., Pasanen, T., Laukkanen, R., Tissari, P., Tarkka, E. and Vaara M. 2009. Real‐time multiplex PCR assay for detection of Yersinia pestis and Yersinia pseudotuberculosis. - Apmis. 117:34-44. [DOI:10.1111/j.1600-0463.2008.00013.x]
16. O'Hara, C.M. 2005. Manual and automated instrumentation for identification of Enterobacteriaceas and other aerobic gram-negative bacilli. - Clin. Microbiol. Rev. 18: 147-162. [DOI:10.1128/CMR.18.1.147-162.2005]
17. Perry, R.D. and Fetherston, J.D. 1999. Yersinia pestis etiologic agent of plague. - Clin. Microbiol. Rev. 10: 35-66. [DOI:10.1128/CMR.10.1.35]
18. Qu, S., Shi, Q,. Zhou, L., Guo, Z., Zhou, D. and Zhai, J. 2010. Ambient stable quantitative PCR reagents for the detection of Yersinia pestis. - PLOS ONE 4: 1-7. [DOI:10.1371/journal.pntd.0000629]
19. Rachwal, P.A., Rose, H.L., Cox ,V., Lukaszewski, R.A., Murch, A.L. and Weller, S.A. 2012. The potential of TaqMan Array Cards for detection of multiple biological agents by real-time PCR. - PLOS ONE 7: 1-7. [DOI:10.1371/journal.pone.0035971]
20. Riehm, J.M., Rahalison, L., Scholz, H.C., Thoma, B., Pfeffer, M. and Razanakoto, L.M. 2011. Detection of Yersinia pestis using real-time PCR in patients with suspected bubonic plague. - Mol. Cell Probes. 25: 8-12. [DOI:10.1016/j.mcp.2010.09.002]
21. Rollins, S.E., Rollins, S.M. and Ryan, E.T. 2003. Yersinia pestis and the plague. - Am. J. Clin. Pathol. 119: 78-85. [DOI:10.1309/DQM93R8QNQWBFYU8]
22. Schofield, D.A., Molineux, I.J. and Westwate, C. 2009. Diagnostic bioluminescent phage for detection of Yersinia pestis. - J. Clin. Microbiol. 47: 3887-3894. [DOI:10.1128/JCM.01533-09]
23. Sergueev, K.V., Borschel, R.H., Nikolich, M.P. and Filippov, A.A. 2010. Rapid and sensitive detection of Yersinia pestis using amplification of plague diagnostic bacteriophages monitored by real-time PCR. - PLOS ONE 5: 1-10. [DOI:10.1371/journal.pone.0011337]
24. Stewart, A., Satterfield. B., Cohen, M., O'Neill, K. and Robison, R. 2008. A quadruplex real-time PCR assay for the detection of Yersinia pestis and its plasmids. - J. Med. Microbiol. 57: 324-331. [DOI:10.1099/jmm.0.47485-0]
25. Suzuki, S., Sakakibara, H. and Hotta, S. 1997. Latex agglutination tests for measurement of antiplague antibodies. - Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 6: 332-336.
26. Tomaso, H., Reisinger, E.C., Dahouk, S., Frangoulidis, D., Rakin., A. and Landt, O. 2006. Rapid detection of Yersinia pestis with multiplex real‐time PCR assays using fluorescent hybridisation probes. - FEMS Immunol. Med. Microbiol. 38: 117-26. [DOI:10.1016/S0928-8244(03)00184-6]
27. Tomaso, H., Thullier, P., Seibold, E., Guglielmo, V., Buckendahl, A. and Rahalison, L. 2007. Comparison of hand-held test kits, immunofluorescence microscopy, enzyme-linked immunosorbent assay, and flow cytometric analysis for rapid presumptive identification of Yersinia pestis. - Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 45: 3404-3407. [DOI:10.1128/JCM.00458-07]
28. Tomaso, H., Reisinger, E.C., Dahouk, S., Frangoulidis, D., Rakin, A. and Landt, O. 2003. Rapid detection of Yersinia pestis with multiplex real‐time PCR assays using fluorescent hybridisation probes. - FEMS Microbiol. Immunol. 38: 117-126. [DOI:10.1016/S0928-8244(03)00184-6]
29. Wang, J.Z., Duan, R., Liang, J.R., Huang, Y., Xiao, Y.C, Qiu, H. and Wang, X. 2014. Real-time TaqMan PCR for Yersinia enterocolitica detection based on the ail and fox A Genes - Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 52: 4443-4444. [DOI:10.1128/JCM.02528-14]
30. Wilmoth, B.A., Chu, M.C. and Quan, T.J. 1996. Identification of Yersinia pestis by BBL crystal enteric / nonfermentor identification system. - Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 34: 2829-2830. [DOI:10.1128/JCM.34.11.2829-2830.1996]
31. Woron, A.M., Nazarian, E.J., Egan, C., McDonough, K.A., Cirino, N.M. and Limberger, R.J. 2006. Development and evaluation of a 4-target multiplex real-time polymerase chain reaction assay for the detection and characterization of Yersinia pestis. - Diagn. Microbiol. Infect. Dis. 56: 261-268 [DOI:10.1016/j.diagmicrobio.2006.06.009]
32. Zhang. Z., Liang. Y., Yu. D., Xia. L. and Hai. R. 2013. Development of a multiplex polymerase chain reaction (PCR) with an internal control method to detect Yersinia pestis in the plague foci surveillance. - Afr. J. Microbiol. Res.7: 698-700.
ارسال نظر درباره این مقاله : نام کاربری یا پست الکترونیک شما:
CAPTCHA
ارسال پیام به نویسنده مسئول

بازنشر اطلاعات
Creative Commons License این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است.

Creative Commons Licence
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.




کلیه حقوق این وب سایت متعلق به یافته های نوین در علوم زیستی است.

طراحی و برنامه نویسی : یکتاوب افزار شرق

© 2015 All Rights Reserved | Nova Biologica Reperta

Designed & Developed by : Yektaweb