یکی از کارآمدترین و مهمترین نظامهای بخش کشاورزی، تعاونیهای تولید کشاورزی است. اعطای یارانههای تولیدی به این تشکلها از مهمترین سیاستهای حمایتی دولت به شمار میرود. با اجرای سیاست هدفمندسازی یارانهها و حذف یارانههای تولیدی این نگرانی بوجود آمد که کشاورزان عضو تعاونیها به دلیل افزایش هزینهها محتمل ضرر گردند. این پژوهش به منظور شناسایی آثار ناشی از اجرای سیاست هدفمندی یارانهها بر افزایش هزینههای تولیدی اعضاء تعاونیهای کشاورزی شهرستان لنجان انجام گرفت. روش انجام پژوهش توصیفی – تحلیلی و جامعه آماری این پژوهش 4 تعاونی کشاورزی فعال در شهرستان با 2809 نفرعضو بوده است. حجم نمونه از طریق فرمول کوکران با روش طبقه ای 180 نفر تعیین گردید. دادههای گردآوری شده از پرسشنامه در نرمافزار SPSS تحلیل شد. نتایج نشان داد که اجرای سیاست هدفمندی یارانهها، باعث افزایش هزینههای تولید بهرهبرداران عضو تعاونیهای کشاورزی (زراعت و باغداری) شده است، در حالی که اجرای این طرح کاهش اعتبارات و محدودیت منابع مالی اعضاء را در پی نداشته است. بر اساس نتایج آزمونANOVA میزان درآمد، سطح سواد، سن اعضاء در کاهش هزینه تعاونیها نقش نداشته است، در حالی که سابقه عضویت در افزایش هزینهها اثرگذار بوده است.