6 نتیجه برای Pcr
مریم عبدلی نسب، مهدی رحیمی،
دوره 4، شماره 3 - ( 9-1396 )
چکیده
تعداد 38 توده و رقم مهم هندوانه از مناطق مختلف کشور جمع آوری و پس از آماده سازی خاک، در مزرعۀ تحقیقاتی در قالب طرح بلوک های کامل تصادفی با سه تکرار کشت شد. به منظور بررسی تنوع ژنتیکی، DNA از برگ استخراج و واکنش زنجیرهای پلیمراز با استفاده از 14 جفت آغازگر SRAP بهینه شد. تعداد 136 باند چندشكل به دست آمد، كه جفت آغازگر EM10-Me4 با تعداد نوزده باند و جفت آغازگرهایEM16-Me4 و EM16-Me4 با تعداد هفت باند به ترتیب بيشترين و كمترين تعداد باند چندشكل را ايجاد کردند. محتواي اطلاعات چندشكل (PIC) در اين تحقيق بين 20/0 تا 32/0 و ميزان تنوع ژني براساس شاخص نی از 17/0 تا 28/0 به دست آمد. تجزيۀ تابع تشخيص خطي فيشر نشان داد که روش UPGMA و با انجام صحت گروهبندي در حدود 90 درصد، مناسبتر از ديگر روش هاي تجزيۀ خوشه اي است. تجزيۀ خوشه اي براساس روش جاکارد توده های تحت مطالعه را در پنج گروه مجزا قرار داد. تجزیه به مختصات اصلی نشان میدهد که مؤلفه های اول و دوم 5/92 درصد از تنوع به دست آمده را توجیه می کنند که خود نشان دهندۀ توزیع مناسب نشانگرها در کل ژنوم است.
طاهره نعیمی، لیلا فهمیده، براتعلی فاخری،
دوره 6، شماره 2 - ( 5-1398 )
چکیده
رشد گیاهان به شدت تحت تأثیر تنش‌های محیطی چون خشکی، شوری زیاد، درجه حرارت کم یا زیاد قرار می‌گیرد و بر این اساس شناسایی ژن‌هایی که در انطباق یا تحمل تنش نقش دارند و به‌خصوص ژنهای تنظیم‌گر، بسیار ضروری است. پروتئین‌های MYB یک خانواده بزرگ از عوامل رونویسی هستند که از اهمیت خاصی در تنظیم فرایندهای نموی و پاسخ‌های دفاعی در گیاهان برخوردارند. مشخصه اصلی اعضای این خانواده، وجود یک دامین اتصال به DNA (دامین MYB) است که از لحاظ ساختاری حفاظت شده است. از این‌رو آزمایشی به صورت فاکتوریل در قالب طرح بلوک‌های کامل تصادفی با سه تکرار در بررسی اثر سطوح مختلف تنش خشکی بر میزان بیان نسبی ژن فاکتور رونویسی TaMYB73 با استفاده از روشReal Time PCR انجام شد. تیمارهای آزمایش شامل ژنوتیپ‌های گندم دوروم (شبرنگ، بهرنگ، کرخه، آریا و دنا) و سطوح خشکی در خاک (5، 10، 15، 20 و 25 درصد ظرفیت زراعی) بود. کشت ژنوتیپ‌ها در گلدان و تنش خشکی در مرحله گیاهچه‌ای (چهار تا پنج برگی) پس از 45 روز اعمال شد. تجزيه و تحلیل داده‌ها با استفاده از فرمولCT ΔΔ- 2 Ratio= و نرم افزار SAS نسخه 1/9 انجام شد. نتایج تجزیه واریانس دو طرفه، اثر ژنوتیپ، تنش خشکی و اثرات متقابل تنش در خشکی را برای بیان نسبی ژن TaMYB73 و میزان تنظیم‌کننده‌های اسمزی (پرولین و کربوهیدرات) در سطوح تنش (20، 15 و 5 درصد ظرفیت زراعی) نسبت به سطح نرمال (25 درصد ظرفیت زراعی) در سطح احتمال 1 درصد معنی‌دار نشان داد. با افزایش سطوح تنش خشکی به ترتیب از 5 تا 20 درصد ظرفیت زراعی نسبت به سطح نرمال (25 درصد ظرفیت زراعی)، میزان بیان نسبی ژن TaMYB73 و تنظیم‌کننده‌های اسمزی پرولین و کربوهیدرات در ژنوتیپ‌های بهرنگ، کرخه و دنا نسبت افزایش بیشتری نشان داد. با توجه به نتایج این مطالعه، در بین 5 ژنوتیپ مورد بررسی گندم دوروم، به نظر می رسد که ژنوتیپ‌های بهرنگ، کرخه و دنا مقاومت بیشتری نسبت به تنش خشکی نشان دادند.
خاطره کبیری، کیوان مجیدزاده،
دوره 6، شماره 4 - ( 10-1398 )
چکیده
یرسینیا پستیس عامل بیماری طاعون، باسیلی گرم منفی متعلق به تیره انتروباکتریاسه است. تشخیص این ارگانیسم بر اساس روش های کلاسیک وقت گیر، پر هزینه و خطرناک است. هدف از این مطالعه طراحی روش TaqMan Real-time PCR برای تشخیص سریع این باکتری بر اساس ژن pla است. در این مطالعه واکنش Real-time PCR بر اساس ژن هدف pla بهینه سازی گشت. برای تعیین حساسیت، از ژن pla رقتهای سریال تهیه و آخرین رقتی که سیگنال فلورسنت تولید کرد به عنوان کمترین حد تشخیص در نظر گرفته شد. بر اساس نتایج آزمایش تعیین حساسیت، منحنی استاندار شامل مقادیر Ct و تعیین کمیت برای آنالیز ژن هدف استفاده گردید. ویژگی آنالیتیکال روش به وسیله انجام آزمایش بر روی ژنوم تعدادی از باکتریهای کنترل منفی ارزیابی گردید. در این بررسی، در نمودار تکثیر ژن pla هیچ گونه تکثیری برای نمونههای کنترل منفی مشاهده نشد و ویژگی واکنش تایید گشت. کمترین حد تشخیص روش Real-time PCR برای ژن هدف fg 4/5، همچنین کمترین تعداد کپی از ژن هدف در یک واکنش 20 میکرولیتر در حدود 103× 1 تعیین گشت.
.
بیژن اسمعیل نژاد، جمال قره خانی، آوات سمیعی، هادی رضایی،
دوره 7، شماره 3 - ( 9-1399 )
چکیده
کوکسیلا بورنتی عامل تب‌کیو است که بیش از 40 گونه کنه در انتقال آن نقش دارند. هدف از مطالعه حاضر بررسی گونه‌های کنه سخت در گردش بزهای شهرستان مشکین شهر در استان اردبیل و نقش آن‌ها در انتقال کوکسیلا بورنتی بود. در یک نمونه‌گیری تصادفی از فروردین 1394 لغایت فروردین 1395، تعداد 365 بز از نظر آلودگی به کنه‌های سخت مورد بازرسی قرار گرفتند. تعداد 280 کنه جمع‌آوری شده از سطح بدن دام‌ها مورد شناسایی قرار گرفته و از نظر آلودگی به کوکسیلا بورنتی به روش مولکولی بررسی شدند. 8/40 درصد از دام‌ها حداقل به یک کنه آلوده بودند. هیالوما آناتولیکوم آناتولیکوم (9/33 درصد)، ریپی‌سفالوس سانگوئینوس (1/22 درصد)، ریپی‌سفالوس تورانیکوس (1/17 درصد)، هیالوما اکسکاواتوم (1/11 درصد)، ریپی‌سفالوس بورسا (5 درصد)، هیالوما دتریتوم (9/3 درصد)، هیالوما درومداری (6/3 درصد)، هیالوما اسیاتیکوم اسیاتیکوم (8/1 درصد) و هیالوما مارژیناتوم (1 درصد) گونه‌های شناسایی‌شده هستند. اختلاف آماری معنی‌داری بین میزان آلودگی دام‌ها به کنه و فصول مختلف، جنس و سن آن‌ها مشاهده نشد (05/0=p). در بررسی مولکولی 280 کنه صید شده، 5 مورد از 40 دسته شامل هیالوما آناتولیکوم آناتولیکوم (3 pool)، هیالوما اکسکاواتوم (1 pool) و ریپی‌سفالوس سانگوئینوس (1 pool) آلوده به کوکسیلا بورنتی بودند. بررسی حاضر اولین گزارش از وضعیت آلودگی کنه‌ها به کوکسیلا بورنتی در شمال‌غرب ایران است. با توجه به زئونوز بودن تب‌کیو، مطالعه بیشتر در مورد ناقلین و میزبان‌های دیگر ضروری به‌نظر می‌رسد.
مهری فرزندی، رضا خاک ور، ابولقاسم محمدی، توماس راتای،
دوره 9، شماره 4 - ( 12-1401 )
چکیده
دریاچه ارومیه بزرگترین دریاچه داخلی ایران و دومین دریاچه شور دنیا است. برای شناسایی باکتریهای کاملاً شور پسند دریاچه از طریق غربال با مارکرهای مولکولی، طی فصول مختلف سال‌های 1397 و 1398 از آب، لجن و خاک مناطق مختلف دریاچه نمونه‌هایی جمع‌آوری و به آزمایشگاه منتقل گردید. با استفاده از محیط‌های کشت عمومی جدایه‌های باکتریایی از نمونه‌ها جداسازی و برای بررسی تنوع گونهای از نشانگر مولکولی ERIC استفاده گردید. پس از خوشهبندی ژنتیکی گونهها، از هر خوشه یک باکتری به‌عنوان نماینده انتخاب و با رمزینهگذاری ناحیه 16srDNA مورد شناسایی قرار گرفتند. تستهای بیوشیمیایی برای تایید نتایج مولکولی انجام گردید. در مجموع، 102 جدایه باکتری از نمونه‌ها جداسازی شد که فقط 29 جدایه بسیار شورپسند بودند. نشانگر مولکولی ERIC نشان داد که جدایه‌ها میتوانند به پنج گروه منتسب شوند. پنج جدایه منتخب از هر خوشه، با آغازگرهای ناحیه 16SrDNA تکثیر و توالی‌یابی شدند که نتایج نشان داد که پنج جدایه منتخب با اطمینان 99 درصد متعلق به گونه‌های Microbulbifer halophilus،Halomonas salina، Bacillus sonorensis،Salinivibrio costicola و Bacillus aquimaris هستند. نتایج شناسایی مولکولی با نتایج آزمونهای بیوشیمیایی مطابقت داشت.
نگار خراسانی، جواد بهارآرا، خدیجه نژاد شاهرخ آبادی،
دوره 10، شماره 2 - ( 6-1402 )
چکیده
سرطان پانکراس یکی از کشند‌هترین و تهاجمی‌ترین سرطان‌ها است؛ فلورواوراسیل باعث توقف در چرخه سلولی و القای آپوپتوز در سلولهای سرطانی میشود. در مطالعه حاضر اثر فلورواوراسیل بر مراحل مختلف چرخه سلولی و بیان ژنهای درگیر در مسیر درونی آپوپتوز در رده سلولی AsPC-1 (سرطان پانکراس انسانی)، بررسی شده است. در این پژوهش تجربی-آزمایشگاهی برای بررسی اثر سمیت فلورواوراسیل بر روی تکثیر سلولهای AsPC-1 از آزمون MTT استفاده شد؛ نوع مرگ سلولي القا شده و تغییرات در چرخه سلولي به روش فلوسايتومتري بررسي شد؛ تغییرات در سطح بیان ژنهای (BAX، Bcl-2، APAF-1، Caspase-3، Caspase-9، p53 و p21) با تکنیک Real-time PCR ارزیابی شد. داده‌های کمی حاصل در سطح معنی‌داری (p< 0.05) تحلیل گردید. یافته‌های حاصل از آزمون MTT نشان داد که فلورواوراسیل به‌صورت وابسته به غلظت باعث کاهش تکثیر سلولهای AsPC-1 میشود، نتایج آنالیز فلوسایتومتری نشان دهنده افزایش درصد سلولهای آپوپتوتیک در سلولهای تحت تیمار بود؛ فلورواوراسیل در سلولهای AsPC-1 سبب توقف چرخه سلولی در مرحله S و کاهش جمعیت سلولی در فاز G1 شد. بررسی نتایج Real-time PCR در سلولهای تیمار شده، نشان دهنده افزایش بیان ژنهای مسیر میتوکندریایی آپوپتوز و همچنین ژنهای موثر در تنظیم چرخه سلولی بود. فلورواوراسیل باعث کاهش تکثیر سلولی و القای آپوپتوز از طریق افزایش بیان ژنهای دخیل در مسیر درونی آپوپتوز در سلولهای AsPC-1 میشود، همچنین فلورواوراسیل با تنظیم ژنهای (p53 و p21) سبب توقف چرخه سلولی در این سلول‌ها میشود.
