دوره 5، شماره 2 - ( 6-1397 )
جلد 5 شماره 2 صفحات 182-168 |
برگشت به فهرست نسخه ها
Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
Mahnam K, Mirahmadi Babaheidari F. Designing a new tetrapeptide to inhibit the BIR3 domain of the XIAP protein via molecular dynamics simulations. nbr 2018; 5 (2) :168-182
URL: http://nbr.khu.ac.ir/article-1-3103-fa.html
URL: http://nbr.khu.ac.ir/article-1-3103-fa.html
مهنام کریم، میراحمدی باباحیدری فاطمه. طراحی يک پپتيد چهار اسیدآمینه‌ای نوین برای مهار دومین BIR3 پروتئين XIAP به‌وسیلة شبیه سازی دینامیک مولکولی. یافته های نوین در علوم زیستی. 1397; 5 (2) :168-182
دانشگاه شهرکرد
چکیده: (4910 مشاهده)
پروتئین XIAP يکی از اعضای پروتئین‌های مهارکننده آپوپتوز يا مرگ برنامه‌ریزی‌شده یاخته (خانواده IAP) است. پروتئین XIAP نقش باارزشی در مهار آپوپتوز بازی می‌کند و دربرگیرندۀ سه دومین BIR (Baculoviral IAP Repeat) است. دومین سوم اين پروتئين يعني BIR3 به‌طور مستقیم به پايانه N پروتئين کاسپاز 9 متصل می‌شود و آپوپتوز را مهار می‌کند. نشان داده‌شده است که چهار اسیدآمینه پایانة N پروتئين SMAC يعني AVPI می‌توانند به BIR3 متصل شوند و آن را مهار کنند و بنابراین، آپوپتوز را به راه‌اندازند. در اين پژوهش 15 پپتيد به دومین BIR3 داک شده‌اند و سپس 10 نانوثانیه شبیه‌سازی دینامیک مولکولی روی هر کمپلکس به‌دست‌آمده از داکینگ انجام شد. سپس از روش مکانیک مولکولی پوازی بولتزمن سطح در دسترس حلال (MM/PBSA) برای برآورد انرژي اتصال آزاد پپتیدها به دومين BIR3 استفاده شد. نتایج روش MM/PBSA هماهنگی نسبی با روش داکینگ وهماهنگی خوبی با نتایج تجربی موجود داشتند. نتایج نشان داد که بهترین پپتیدها با کمترین انرژي آزاد اتصال عبارت‌اند از ATPF و AKPW و ARPF. همچنين بررسی پيوندهای ميان اين پپتيدها و دومین BIR3 در ساختار نهايي کمپلکس‌ها آشکار کرد که لوسين 307 و ترئونین 308 و گلوتامات 314 و تيروزين 324 دومين BIR3 برای اتصال پپتیدها ضروری هستند. نتایج تفکیک انرژي آزاد و تعیین سهم باقی‌مانده‌های شکاف دومين BIR3 در اتصال به اين پپتيدها در طول شبیه‌سازی نيز هماهنگ با نتايج پیشین بود و نقش همان باقی‌مانده‌ها را در اتصال نشان می‌داد. همچنين گرایش بالای این پپتیدها نسبت به پپتيد طبيعي ((AVPI و مقایسه آنها با ساير پپتيدها آشکار می‌کند که وجود بار مثبت در جايگاه دوم پپتيد و وجود گروه هیدروفوب آروماتيک در جایگاه چهارم پپتيد باعث افزايش قدرت اتصال پپتيد می‌شود.
واژه‌های کلیدی: آپوپتوز، پروتئین، داکینگ، روش مکانیک مولکولی و پوازی بولتزمن- سطح در دسترس حلال، سرطان
نوع مطالعه: مقاله پژوهشی |
موضوع مقاله:
میکروبیولوژی
دریافت: 1396/12/21 | ویرایش نهایی: 1400/3/11 | پذیرش: 1396/12/21 | انتشار: 1396/12/21 | انتشار الکترونیک: 1396/12/21
دریافت: 1396/12/21 | ویرایش نهایی: 1400/3/11 | پذیرش: 1396/12/21 | انتشار: 1396/12/21 | انتشار الکترونیک: 1396/12/21
فهرست منابع
1. Agrawal, R.L. 1991. Seed technology. Second edition. – Oxford and IBH press. New York and London. pp: 445.
2. Akhavan-armaki, M., Hashemi, M., Azarnivand, H., Osare, M. H., Jafari, A.A. and Tavili A. 2013. Effect of drought stress on growth and germination characteristics of three genotype of Agropyron trichophorum. – Desert Eco. Eng. J. 2: 9-14.
3. Armand, N., Amiri, H. and Ismaeili, A. 2015. Effect of methanol on germination characteristics of bean (Phaseolus vulgaris L. cv. Sadry) under drought stress condition. – Iran. J. Pulses Res. 6: 42-53.
4. Asadi, A. 2009. Investigation of salinity stress on seed germination of Trigonella foenum subsp. graecum – J. Biochem. Sci. 4: 1152-1155.
5. Dini, M. 2006. Scientific name of medicinal plants used in traditional medicine. – Forest and Rangeland Res. Inst. Pub. Iran. 299– 300.
6. Fabian, A., Jager, K. and Barnabas, B. 2008. Effects of drought and combined drought and heat stress on germination ability and seminal root growth of wheat (Triticum aestivum L.) seedlings. – J. Acta Biologica 52: 157-159.
7. Farhadi, H., Azizi, M. and Nemati, S.H. 2015. Effect of salinity on traits related with performance in eight native population of fenugreek (Trigonella foenum subsp. graecum). – Iran. J. Field Crops Res. 12: 862-870.
8. Gamze, O., Mehmet Demir, K.A.Y. and Mehmet, A.T.A. 2005. Effects of salt and drought stresses on germination and seedling growth of pea (Pisum sativum L.). – Turk. J. Agri. 29: 237- 242.
9. Hasanzadeh, A., Rezazade, S.H., Shamsa, S. F., Dolat Abadi, R. and Zaringhalam, J. 2010. A review on the medical and phytochemical properties of fenugreek. – J. Medicin. Plant. 2: 1-18.
10. Ji, X.M., Raveendran, M., Oane, R., Ismail, A. Lafitte1, R., Bruskiewich, R., Cheng, S.H. and Bennett, J. 2005. Tissue-specific expression and drought responsiveness of cell-wall invertase genes of rice at flowering. – Plant Mol. Biol. 59: 945-964.
11. Jongdee, B., Fukai, S. and Cooper, M. 2002. Leaf water potential and osmotic adjustment as physiological traits to improve drought tolerance in rice. – Field Crops Res. 79: 153-163.
12. Liu, M., Li, M., Liu, K. and Sui, N. 2015. Effects of drought stress on seed germination and seedling growth of different maize varieties. – J. Agri. Sci. 7: 231-240.
13. Michel, B.E. and Kaufman, M.R. 1973. The osmotic potential of polyethylene glycol 6000. – Physiol. 51: 914-916.
14. Khalid, M. N., Iqbal, H.F., Tahir, A. and Ahmad, A.N. 2001. Germination potential of chickpeas (Cicer arietinum L.) under saline condition. – J. Biol. Sci. 4: 395-396.
15. Mantovani, A and Iglesias, R.R. 2010. The effect of water stress on seed germination of three terrestrial bromeliads from restinga. – Braz. J. Bot. 33: 201-205.
16. Mensah, J. K., Obadoni, B.O., Eruotor, P.G. and Onome, F. 2006. Simulated flooding and drought effects on germination, growth and yield parameters of sesame (Sesamum indicum L.). – Afric. J. Biol. 5: 1249-1253.
17. Roumani, A. and Ehteshami, M. 2014. Effect of different levels of salinity stress on seed germination and early growth of fenugreek (Trigonella foenum L.) seedling. – Iran. J. Seed Res. 1: 33-45.
18. Parmer, M.T. and More, R.P. 2008. Carbowax 6000, Maintol, Sodiumchloride for simulating drought condition in germination studies of corn (Zea mays) of strong and weak vigor. – Agro. J. 60: 192-195.
19. Zaheer Ahmed, M. and Ajmal Khan, M. 2010. Tolerance and recovery responses of playa halophytes to light, salinity and temperature stresses during seed germination. – Flora Morph. Distribut. Func. Eco. Plants. 205: 764-771.
20. Zebarjadi, A.R., Soheilikhah, Z.H., Ghasempour H.R. and Vaisipour, A. 2012. Effect of drought-induced stress by PEG6000 on physiological and morphological traits of Safflower (Carthamus tinctorius) seed germination in order to selection of drought tolerant genotypes. – Iran. J. Boil. 25: 252-263.
| بازنشر اطلاعات | |
 |
این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است. |
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.
کلیه حقوق این وب سایت متعلق به یافته های نوین در علوم زیستی است.
طراحی و برنامه نویسی : یکتاوب افزار شرق
© 2015 All Rights Reserved | Nova Biologica Reperta
Designed & Developed by : Yektaweb