دوره 10، شماره 3 - ( 9-1402 )
جلد 10 شماره 3 صفحات 183-169 |
برگشت به فهرست نسخه ها
Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
Mollaie Z, Karami L, Rezaee E, Karimi G. Investigating the inhibitory effect of new imidazole derivatives on cyclooxygenase II enzyme with computational approach. nbr 2023; 10 (3) :169-183
URL: http://nbr.khu.ac.ir/article-1-3632-fa.html
URL: http://nbr.khu.ac.ir/article-1-3632-fa.html
ملایی زینب، کرمی لیلا، رضایی الهام، کریمی گیلدا. بررسی اثر مهاری مشتقات جدید ایمیدازولی بر آنزیم سیکلواکسیژناز II با رویکرد محاسباتی . یافته های نوین در علوم زیستی. 1402; 10 (3) :169-183
گروه زیست شناسی سلولی و مولکولی، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه خوارزمی، تهران، ایران ، l_karami@khu.ac.ir
چکیده: (2138 مشاهده)
امروزه مشخص شده که ایزوفرم دوم آنزیم COX موسوم به COX-2 با تولید واسطه های التهابی نقش مهمی در التهاب و در بیماری هایی همچون آرتریت روماتوئید و آرتروز دارد. با این هدف طراحی داروهای مهارکننده COX-2 برای درمان التهاب یکی از مهم ترین اهداف محققان است. در این مطالعه با رویکرد in silico، اثر مهاری 3 مشتق جدید ایمیدازولی بر آنزیم COX-2 ارزیابی شد. داکینگ مولکولی با استفاده از Autodock Vina انجام شده و بهترین حالت اتصالی مهارکننده ها با آنزیم به عنوان ورودی شبیه سازی دینامیک مولکولی (MD) مورد استفاده قرار گرفت. MD با استفاده از نرم افزار Gromacs، به مدت 120 نانوثانیه انجام شد. سپس آنالیزهای ساختاری و ترمودینامیکی (تغییرات انرژی آزاد اتصال) و پیشگویی خواص فیزیکوشیمیایی انجام شدند. بر اساس داده های RMSD، ترکیبات در طی شبیه سازی به تعادل خوبی رسیدند و ثبات مطلوبی داشتند. همینطور نمودارهای RMSF نشان دادند که در اثر اتصال مهارکننده ها نوسانات کمپلکس ها کاهش پیدا کرد و رزیدوهای جایگاه فعال کمترین میزان نوسانات را داشتند. آنالیزهای Rg، SASA و DSSP نشان دادند که ساختار پروتئین تغییر چشمگیری نداشته است. همچنین مشخص شد که رزیدوهای Ser 530 وTyr 355 در تشکیل پیوند هیدروژنی نقش موثرتری دارند. بررسی پارامترهای فیزیکوشیمیایی بیانگر رفتار دارویی مناسب مهارکننده ها است. انجام آنالیزهای ساختاری و ترمودینامیکی (با روش MM-PBSA) و نیز مقایسه با داده های آزمایشگاهی IC50 حاکی از تاثیر مهاری مطلوب ترکیب 5b نسبت به سایر ترکیبات بر آنزیم COX-2 است.
واژه‌های کلیدی: التهاب، انرژی آزاد اتصال، داکینگ مولکولی، شبیه سازی دینامیک مولکولی، مهارکننده های COX-2
نوع مطالعه: مقاله پژوهشی |
موضوع مقاله:
علوم سلولی و مولکولی
دریافت: 1402/3/26 | ویرایش نهایی: 1402/9/30 | پذیرش: 1402/6/18 | انتشار: 1402/9/29 | انتشار الکترونیک: 1402/9/29
دریافت: 1402/3/26 | ویرایش نهایی: 1402/9/30 | پذیرش: 1402/6/18 | انتشار: 1402/9/29 | انتشار الکترونیک: 1402/9/29
ارسال پیام به نویسنده مسئول
| بازنشر اطلاعات | |
 |
این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است. |
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.
کلیه حقوق این وب سایت متعلق به یافته های نوین در علوم زیستی است.
طراحی و برنامه نویسی : یکتاوب افزار شرق
© 2015 All Rights Reserved | Nova Biologica Reperta
Designed & Developed by : Yektaweb