دوره 6، شماره 2 - ( 5-1398 )
جلد 6 شماره 2 صفحات 274-268 |
برگشت به فهرست نسخه ها
Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
Shahriari Moghadam M, Abtahi B, Ebrahimipour G. The identification of protein changes in Celeribacter persicus SBU1 after degrading phenanthrene
. nbr 2019; 6 (2) :268-274
URL: http://nbr.khu.ac.ir/article-1-3072-fa.html
URL: http://nbr.khu.ac.ir/article-1-3072-fa.html
شهریاری مقدم محسن، ابطحی بهروز، ابراهیمی پور غلامحسین. مطالعه تغییرات محتوای پروتئینی باکتری سلریباکتر پرسیکوس SBU1 پس از مصرف فنانترن. یافته های نوین در علوم زیستی. 1398; 6 (2) :268-274
دانشگاه زابل ، Mohsen.mshahriari@gmail.com
چکیده: (4014 مشاهده)
موجودات زنده در شرایط مختلف محیطی ژن های متفاوتی را بیان می کنند که در نتیجه آن پروتئین های متفاوتی سنتز می شوند. این تغییرات به دلیل آداپته شدن ارگانیسم با شرایط محیطی از قبیل حضور مواد سمی است. این مطالعه با هدف بررسی تغییرات پروتئینی ایجاد شده در باکتریSBU1 Celeribacter persicus جداسازی شده از جنگل های مانگرو خلیج نایبند در محیط حاوی فنانترن به عنوان تنها منبع کربن و انرژی انجام گرفت. برای مطالعه تغییرات ایجاد شده در محتوای پروتئینی سویه SBU1 C. persicus، باکتری در محیط های کشت پایه معدنی حاوی استات سدیم به عنوان شاهد و همچنین حاوی فنانترن کشت داده شد. پس از استخراج پروتئین کل، ارزیابی تغییرات ایجاد شده در محتوای پروتئینی باکتریSBU1 C. persicus، با استفاده از الکتروفورز عمودی پروتئین ها جداسازی و شناسایی آنها توسط روش MALDI-TOF-TOF MS انجام شد. پس از ارزیابی تغییرات پروتئینی ایجاد شده در محتوای پروتئینی سویهSBU1 ، دو باند که نسبت به تیمار شاهد تغییرات بیشتری را نشان دادند (افزایش میزان بیان پروتئین) جداسازی و پروتئین های آنها شناسایی گردید. پروتئین های شناسایی شده شامل یک پروتئین کانالی و همچنین پروتئینی با عملکرد ناشناخته بود. به طور کلی نتایج این مطالعه بیانگر ایجاد تغییرات قابل توجهی در موای پروتئینی باکتری SBU1 C. persicus پس از مصرف فنانترن بود. افزایش میزان بیان پروتئین کانالی شناسایی شده، احتمالاً نشان دهده نقش این پروتئین در انتقال مولکولهای فنانترن به داخل و یا خارج از سلول است.
نوع مطالعه: مقاله پژوهشی |
موضوع مقاله:
میکروبیولوژی
دریافت: 1396/10/29 | ویرایش نهایی: 1398/6/12 | پذیرش: 1397/7/11 | انتشار: 1398/5/8 | انتشار الکترونیک: 1398/5/8
دریافت: 1396/10/29 | ویرایش نهایی: 1398/6/12 | پذیرش: 1397/7/11 | انتشار: 1398/5/8 | انتشار الکترونیک: 1398/5/8
فهرست منابع
1. Bateman, J.N., Speer, B., Feduik, L. and Hartline, R.A. 1986. Naphthalene association and uptake in Pseudomonas putida. - J. Bacteriol. 166: 155-161 [DOI:10.1128/jb.166.1.155-161.1986]
2. Bradford, M.M. 1976. A rapid and sensitive method for the quantitation of microgram quantities of protein utilizing the principle of protein-dye binding. - Anal. Biochem. 72: 248-254. [DOI:10.1006/abio.1976.9999]
3. Bugg, T., Foght, J.M., Pickard, M.A. and Gray, M.R. 2000. Uptake and active efflux of polycyclic aromatic hydrocarbons by Pseudomonas fluorescens LP6a. - Appl. Environ. Microbiol. 66: 5387-5392. [DOI:10.1128/AEM.66.12.5387-5392.2000]
4. Cao, J., Lai, Q., Yuan, J. and Shao, Z. 2015. Genomic and metabolic analysis of fluoranthene degradation pathway in Celeribacter indicus P73T. - Sci. Rep. 5: 7741. [DOI:10.1038/srep07741]
5. Chang, B.V., Chang, I.T. and Yuan, S.Y. 2008. Anaerobic degradation of phenanthrene and pyrene in mangrove sediment. - Bull. Environ. Contam. Toxicol. 80: 145-149. [DOI:10.1007/s00128-007-9333-1]
6. Demaneche, S., Meyer, C., Micoud, J., Louwagie, M., Willison, J.C. and Jouanneau, Y. 2004. Identification and functional analysis of two aromatic-ring-hydroxylating dioxygenases from a Sphingomonas strain that degrades various polycyclic aromatic hydrocarbons. - Appl. Environ. Microbiol. 70: 6714-6725. [DOI:10.1128/AEM.70.11.6714-6725.2004]
7. Finnerty, W., and Singer, M. 1985. Membranes of hydrocarbon-utilizing microorganisms. - In Ghosh, B.K. (ed.), Organization of prokaryotic cell membranes, vol. III: 1-44. - CRC Press, Inc., Boca Raton, Fla.
8. Guo, C., Zhou, H., Wong, Y. and Tam, N. 2005. Isolation of PAH-degrading bacteria from mangrove sediments and their biodegradation potential. - Mar. Pollut. Bull. 51: 1054-1061. [DOI:10.1016/j.marpolbul.2005.02.012]
9. Ke, L., Wang, W.Q., Wong, T.W.Y., Wong, Y.S. and Tam, N.F.Y. 2003. Removal of pyrene from contaminated sediments by mangrove microcosms. - Chemosphere 51: 25-34. [DOI:10.1016/S0045-6535(02)00811-1]
10. Keum, Y.S., Seo, J.S., Li, Q.X. and Kim, J.H. 2008. Comparative metabolomic analysis of Sinorhizobium sp. C4 during the degradation of phenanthrene. - Appl. Microbiol. Biotechnol. 80: 863-872. [DOI:10.1007/s00253-008-1581-4]
11. Kim, S.J., Jones, R.C., Cha, C.J., Kweon, O., Edmondson, R.D. and Cerniglia, C.E. 2004. Identification of proteins induced by polycyclic aromatic hydrocarbon in Mycobacterium vanbaalenii PYR-1 using two-dimensional polya-crylamide gel electrophoresis and de novo sequencing methods. - Proteomics. 4: 3899-3908. [DOI:10.1002/pmic.200400872]
12. Krivobok, S., Kuony, S., Meyer, C., Louwagie, M., Willison, J.C. and Jouanneau, Y. 2003. Iden-tification of pyrene-induced proteins in Mycobac-terium sp. strain 6PY1: evidence for two ring-hydroxylating dioxygenases. - J. Bacteriol. 185: 3828-3841. [DOI:10.1128/JB.185.13.3828-3841.2003]
13. Lee, S.E., Seo, J.S., Keum, Y.S., Lee, K.J. and Li, Q.X. 2007. Fluoranthene metabolism and associated proteins in Mycobacterium sp. JS14. - Proteomics 7: 2059-2069. [DOI:10.1002/pmic.200600489]
14. Li, C.H., Wong, Y.S.,and Tam, N.F. 2010. Anaerobic biodegradation of polycyclic aromatic hydrocarbons with amendment of iron (III) in mangrove sediment slurry. - Bioresour Technol. 101: 8083-8092. [DOI:10.1016/j.biortech.2010.06.005]
15. Liang, Y., Gardner, D.R., Miller, C.D., Chen, D., Anderson, A.J., Weimer, B.C. and Sims, R.C. 2006. Study of biochemical pathways and enzymes involved in pyrene degradation by Mycobacterium sp. strain KMS. - Appl. Environ. Microbiol. 72: 7821-7828. [DOI:10.1128/AEM.01274-06]
16. Nesatyy, V.J. and Suter, M.J.F. 2007. Proteomics for the analysis of environmental stress responses in organisms. - Env. Sci. Tech. 41: 6891-6900. [DOI:10.1021/es070561r]
17. Nikaido, H. 1996. Multidrug efflux pumps of gram-negative bacteria. - J. Bacteriol. 178: 5853-5859. [DOI:10.1128/jb.178.20.5853-5859.1996]
18. Qin, W., Zhu, Y., Fan, F., Wang, Y., Liu, X., Ding, A., and Dou, J. 2017. Biodegradation of benzo(a)pyrene by Microbacterium sp. strain under denitrification: Degradation pathway and effects of limiting electron acceptors or carbon source. - Biochem. Eng. J. 121: 131-138. [DOI:10.1016/j.bej.2017.02.001]
19. Schlegel, H. 1992. General microbiology. - Cambridge University Press. 608.
20. Seo, J.S., Keum, Y.S. and Li, Q.X. 2009. Bacterial degradation of aromatic compounds. - Int. J. Env. Res. Pub. He. 6: 278-309. [DOI:10.3390/ijerph6010278]
21. Sikkema, J., de Bont, J.A. and Poolman, B. 1994. Interactions of cyclic hydrocarbons with biological membranes. - J. Biol. Chem. 269: 8022-8028.
22. Tam, N.F., Guo, C.L., Yau, W.Y. and Wong, Y.S. 2002. Preliminary study on biodegradation of phenan-threne by bacteria isolated from mangrove sediments in Hong Kong. - Mar. Pollut. Bull. 45: 316-324. [DOI:10.1016/S0025-326X(02)00108-X]
23. Tian, Y., Liu, H.J., Zheng, T.L., Kwon, K.K., Kim, S.J. and Yan, C.L. 2008. PAHs contamination and bacterial communities in mangrove surface sediments of the Jiulong River Estuary, China. - Mar. Pollut. Bull. 57: 707-715. [DOI:10.1016/j.marpolbul.2008.03.011]
24. Ugochukwu, U.C. and Fialips, C.I. 2017. Removal of crude oil polycyclic aromatic hydrocarbons via organoclay-microbe-oil interactions. - Chemosphere 174: 28-38. [DOI:10.1016/j.chemosphere.2017.01.080]
25. Wei, K., Yin, H., Peng, H., Liu, Z., Lu, G. and Dang, Z. 2017. Characteristics and proteomic analysis of pyrene degradation by Brevibacillus brevis in liquid medium. - Chemosphere 178: 80-87. [DOI:10.1016/j.chemosphere.2017.03.049]
26. White, S.H., King, G.I. and Cain, J.E. 1981. Location of hexane in lipid bilayers determined by neutron diffraction. - Nature 290: 161-163. [DOI:10.1038/290161a0]
27. Whitman, B.E., Lueking, D.R. and Mihelcic, J.R. 1998. Naphthalene uptake by a Pseudomonas fluorescens isolate. - Can. J .Microbiol. 44: 1086-1093. [DOI:10.1139/w98-110]
28. Yu, S.H., Ke, L., Wong, Y.S. and Tam, N.F.Y. 2005. Degradation of polycyclic aromatic hydrocarbons by a bacterial consortium enriched from mangrove sediments. - Environmenton 31: 149-154. [DOI:10.1016/j.envint.2004.09.008]
29. Yuan, S.Y., Chang, J.S., Yen, J.H. and Chang, B.V. 2001. Biodegradation of phenanthrene in river sediment. - Chemosphere 43: 273-278. [DOI:10.1016/S0045-6535(00)00139-9]
30. Yun, S.H., Choi, C.-W., Lee, S.-Y., Lee, Y.G., Kwon, J., Leem, S.H. and Kwon, K.K. 2014. Proteomic characterization of plasmid pLA1 for biodegradation of polycyclic aromatic hydrocarbons in the marine bacterium, Novosphingobium pentaromativorans US6-1. - PloS One 9: 1-11. [DOI:10.1371/journal.pone.0090812]
31. Zhou, H.W., Luan, T.G., Zou, F. and Tam, N.F.Y. 2008. Different bacterial groups for biodegradation of three- and four-ring PAHs isolated from a Hong Kong mangrove sediment. - J. Hazard Mater. 152: 1179-1185. [DOI:10.1016/j.jhazmat.2007.07.116]
ارسال پیام به نویسنده مسئول
| بازنشر اطلاعات | |
 |
این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است. |
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.
کلیه حقوق این وب سایت متعلق به یافته های نوین در علوم زیستی است.
طراحی و برنامه نویسی : یکتاوب افزار شرق
© 2015 All Rights Reserved | Nova Biologica Reperta
Designed & Developed by : Yektaweb