توسعه فعالیت‌های حمل و نقل زیرزمینی در شهر نظیر حفر تونل ممکن است آب‌های زیرزمینی و چشمه‌های این مناطق را به صورت کوتاه‌مدت و یا بلندمدت تحت تأثیر قرار دهد. حفر تونل خط شش متروی تهران در آبرفت و سنگ‌آهک‌های شمال چشمه علی شهرری به علت ایجاد نوسانات در آبدهی چشمه و خشک شدن مقطعی آن موجب بروز نگرانی شده است. برای یافتن ارتباط بین چشمه علی و آبخوان اصلی تغذیه‌کننده آن ویژگی‌‌‌های هیدروشیمیایی آب زیرزمینی و حوضه آبگیر چشمه بررسی شد. با کمک روش‌های تحلیلی نشت آب به تونل و روش DHI، مقدار تخمینی نفوذ آب به تونل و بیشترین منطقه تأثیرپذیر از این نشت آب به تونل مشخص و به منظور بررسی تغییرات آبدهی چشمه با میزان بارش در گستره، آمار بارش با تغییرات آبدهی چشمه در زمان‌های قبل و بعد از حفاری تونل مترو مقایسه شد. نتایج پژوهش نشان داد که حفاری تونل مترو تأثیر قابل‌توجهی بر روی سیستم هیدروژئولوژی منطقه و آبدهی چشمه‌علی گذاشته و ادامه حفاری ممکن است تأثیر منفی بر روی دبی دیگر چشمه‌ها و چاه‌های منطقه نیز داشته باشد و سیستم جریانی منطقه را به طور موقت و یا برای همیشه دگرگون کند.
